（1）新政的改革措施缺乏通盘的审慎考虑
新政一开始，清政府就进行了诸多方面的大量变革，没有考虑到改革的轻重缓急以及社会的承受能力，有的改革甚至没有配套设施相适应。因此，改革过程中出现了一些改革彼此抵制的现象。预备立宪时期，改革发展到政治体制的变革，但是清政府并没有考虑到以此为中心积极进行相关改革，而是各种改革同时并举。以至于预备立宪在国会请愿运动的影响下多次变更，也不能满足立宪派的要求，使人们对新政失去了信任感，立宪派也因此由失望走向决裂。
（2）新政缺乏一个强有力的领导核心
太平天国运动结束后，清王朝形成了外重内轻的政治局面，对以中央集权为目的之一的新政十分不利。因此，清政府在改革中将督抚的军权和财权收归中央，引起了地方督抚的强烈不满，增强了中央和地方的矛盾，地方的离心倾向增强。在改革过程中，中央政府由于权力的重新分配也存在着许多派系之争，使改革的权力中枢趋于涣散。1908年，光绪、慈禧的先后亡故，使清政府失去了政治权威，随后出现的载沣等人根本没有政治驾驭能力。这一切都导致改革始终没有统一的、有力的领导核心。光绪末年，京师流传谚语：近支排宗室，宗室排满，满排汉，说明新政时期统治阶级内部并不统一。
（3）新政在执行上存在着严重的失误
由于中央和地方的矛盾，以及官员素质低下等原因，新政的执行往往大打折扣。不仅如此，新政中的一些失误进而导致了统治危机。如：对于新政中产生的新式知识分子，清政府并没有通过深化改革，从制度和精神上加以吸纳和整合，结果使他们走到了自己的反对面。对于拥有广泛社会基础的立宪派，清政府也没有能够与之取得最大限度的合作。在改革过程中，清廷不断地集权满族贵族，皇族内阁的出台进一步激化了满汉矛盾，加深了信任危机。铁路干线国有政策进一步激化了士绅与民众的不满情绪，加深了统治危机。
