辅酶和辅基的主要区别在于与酶蛋白结合的紧密程度不同，非蛋白质部分与酶蛋白结合松散称为辅酶，非蛋白质部分与酶蛋白结合牢固的称为辅基。经透析或超滤方法可使辅酶与酶蛋白分离；而辅基与酶蛋白结合紧密，不能通过透析或超滤方法除去。
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