上海港湾学校1999年通过了国家级重点中专评估的复查认定，并由交通部直属成建制划归上海海运学院（现上海海事大学）管理。2000年通过国家级重点中专的复评，2003年被上海市教委认定为“百校合格单位”，并通过全国重点中专的重新认定。曾先后荣获“上海市中等职业学校行为规范示范校”、“上海市中等职业学校职业指导和就业服务工作先进集体”等荣誉称号。
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