截至2020年3月，成都中医药大学有各级各类实验室74个，其中有国家重点实验室培育基地、国家地方联合工程研究中心、国家中药种质资源库、教育部2011协同创新中心、教育部重点实验室、教育部工程研究中心、国家中医药管理局重点研究室、国家中医药管理局中医药科研实验室（三级）、四川省重点实验室等。
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