1.核质与细胞质之间无核膜因而无成形的细胞核（拟核或类核）；RNA转录和翻译同时进行。
2.遗传物质是一条不与组蛋白结合的环状双螺旋脱氧核糖核酸（DNA）丝，不构成染色体（有的原核生物在其主基因组外还有更小的能进出细胞的质粒DNA）；
3.以简单二分裂方式繁殖，无有丝分裂或减数分裂；
4.没有行为，有的种类有时有通过接合、转化或转导，将部分基因组从一个细胞传递到另一个细胞的准行为（见细菌接合）；
5.没有由肌球、肌动蛋白构成的微纤维系统，故细胞质不能流动，也没有形成伪足、吞噬作用等现象；
6.鞭毛并非由微管构成，更无“9+2”的结构，仅由几条螺旋或平行的蛋白质丝构成。
