2002年，经国家教育部批准同意，学校正式更名为中南民族大学。同年12月，中国科学院与国家民委签署共建中南民族大学共建协议。
2003年，学校成为国家民委与武汉市共建高校。
2006年，学校正式获得博士学位授予权，形成了学士、硕士和博士的完整的学位教育体系。
2008年，学校获得推荐优秀本科应届毕业生免试攻读硕士学位研究生资格，同年与美国威斯康星州立大学普拉特维尔分校合办中国民族高校在外建立的第一所孔子学院。
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