南京理工大学重点学科有兵器科学与技术、光学工程、材料学、电磁场与微波技术、应用化学、模式识别与智能系统、材料科学与工程、化学工程与技术、电子科学与技术、环境工程等。
“十三五”江苏省重点学科：数学、力学、电子科学与技术、环境科学与工程、软件工程、网络空间安全、管理科学与工程
“十三五”江苏省重点（培育）学科：动力工程及工程热物理、航空宇航科学与技术
江苏高校优势学科建设工程三期项目：化学工程与技术、机械工程、光学工程、计算机科学与技术、材料科学与工程、控制科学与工程
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