校企合作的毕业证和普通本科毕业证是一样的，没有什么不同之处。校企合作和普通本科唯一的区别在于培养方式的不一样。学生是按照正常高考，正常批次录取的，校企合作的培养方式是为了避免普通专业的课堂对课堂的培养弊端，追求既有理论又能够动手实践的技术。
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