新疆大学现有经济学、法学、文学、历史学、理学、工学、管理学、艺术学、哲学九个学科门类，涵盖了高级专门人才培养和科学研究的主要领域。现有2个国家级重点学科（中国少数民族语言文学、应用数学），1个国家级重点培育学科（人口、资源与环境经济学），3个双一流重点建设学科（马克思主义理论、化学、计算机科学与技术）。
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